Les Franciscains sont à Ilok depuis l'an 1343. L'église franciscaine et paroissiale Saint-Jean-de-Capistran à Ilok est construite dans le style gothique par le duc Ugrin, et les travaux sont achevés en 1349. A l'époque de sa construction, l'église est consacrée à l'Assomption de la Vierge Marie. Depuis l'an 1700, l'église est dédiée au frère franciscain italien, Jean de Capistran, enterré dans l'église franciscaine et canonisé en 1690. En tant qu'église funéraire d'un saint, elle deviendra bientôt trop petite. C'est pourquoi Nicolas d'Ilok la fait allonger en 1468, quand elle atteint sa longueur actuelle. Après l'an 1688, le peuple catholique de Bosnie s'y installe avec les Franciscains d'Olovo, qui font reconstruire l'église et le couvent. L'église acquiert quelques traits caractéristiques du baroque. Dans la période 1906-1912, elle fait l'objet des travaux de reconstruction selon le projet élaboré par l'architecte Herman Bolle et est reconstruite dans le style néogothique. C'est en 1913 qu'est construite la tour actuelle, la quatrième de suite. Le tableau d'autel représente saint Jean de Capistran au pied de la forteresse de Belgrade, et son auteur est le peintre viennois Joseph Kesller (1862). Près de l'église, on trouve la chapelle-chambre dans laquelle aurait décédé, selon la tradition, saint Jean de Capistran. Le tableau intitulé "Bénédiction de saint Jean de Capistran" est réalisé en 1908 par Mirko Rački. Une partie du couvent des Franciscains est construite au Moyen Âge (aile occidentale), tandis que la construction de l'aile méridionale et de l'aile orientale se poursuit jusqu'en 1727, quand elles obtiennent leur forme actuelle.
