La presenza dei francescani a Ilok è certa a partire dal 1343. Fu il duca Ugrin a volere la costruzione della chiesa francescana parrocchiale di S. Giovanni da Capestrano, costruita in stile gotico e terminata nel 1349. Durante i lavori, la chiesa fu consacrata a Maria, Madre di Dio, assunta in cielo. Dal 1700 in poi la chiesa porta il nome del francescano di origini italiane Giovanni da Capestrano, sepolto qui e fatto santo nel 1690. Troppo piccola per fungere da cappella funebre del santo, la chiesa fu prolungata, raggiungendo la lunghezza attuale, grazie alla volontà di Nikola Iločki. Dopo il 1688, anno in cui la Slavonia fu liberata dal dominio turco, a Ilok giunsero diversi sfollati provenienti dalla Bosnia e frati francescani provenienti da Olovo, che si occuparono della ristrutturazione della chiesa e del convento. Fu allora che l’edificio ricevette alcuni caratteri specifici dello stile barocco. L’ultimo, importante, intervento di restauro in stile neogotico risale agli anni 1906 – 1912 su progetto dell’illustre architetto Hermann Bolle. Il campanile attuale – il quarto in ordine cronologico – risale al 1913. Sull’altare maggiore c’è una pala attribuita al pittore viennese Josip Kesller (1862) che ritrae s. Giovanni da Capestrano ai piedi della fortezza di Belgrado. Suscita interesse la cappella – cella nella quale visse e morì, secondo la tradizione, s. Giovanni da Capestrano; notevole è la tela “La benedizione di s. Giovanni da Capestrano” dipinta nel 1908 da Mirko Rački. L’ala occidentale del convento francescano è medievale. I lavori di costruzione delle ali settentrionale e orientale, che conferirono all’edificio l’aspetto attuale, si conclusero nel 1727.